Wanneer een CNC-systeem wordt geactiveerd, worden de gewenste sneden in de software geprogrammeerd en doorgegeven aan de bijbehorende gereedschappen en machines. Deze voeren de dimensionale taken uit zoals gespecificeerd, vergelijkbaar met een robot.
Bij CNC-programmering zal de codegenerator binnen het numerieke systeem vaak aannemen dat mechanismen foutloos zijn, ondanks de mogelijkheid van fouten, die groter is wanneer een CNC-machine wordt aangestuurd om in meer dan één richting tegelijk te snijden. De plaatsing van een gereedschap in een numeriek besturingssysteem wordt geschetst door een reeks invoer die bekend staat als het onderdeelprogramma.
Bij een numerieke besturingsmachine worden programma's ingevoerd via ponskaarten. Daarentegen worden de programma's voor CNC-machines via kleine toetsenborden naar computers gevoerd. CNC-programmering wordt bewaard in het geheugen van een computer. De code zelf wordt geschreven en bewerkt door programmeurs. Daarom bieden CNC-systemen een veel uitgebreidere rekencapaciteit. Het beste van alles is dat CNC-systemen geenszins statisch zijn, aangezien nieuwere prompts kunnen worden toegevoegd aan bestaande programma's via herziene code.